《黑客帝國1》

　　不久的將來，網絡黑客尼奧對這個看似正常的現實世界產生了懷疑。他結識了黑客崔妮蒂，並見到了黑客組織的首領墨菲斯。墨菲斯告訴他，現實世界其實是由壹個名叫“母體”的計算機人工智能系統控制，人們就像他們飼養的動物，沒有自由和思想，而尼奧就是能夠拯救人類的救世主。 

　　可是，救贖之路從來都不會壹帆風順，到底哪裏才是真實的世界？如何才能打敗那些超人壹樣的特勤？尼奧是不是人類的希望？這是黑客的帝國，程序和代碼歡迎大家的到來。

《黑客帝國2》

　上壹部結尾，尼奧終於意識到自己的能力和使命，中彈復活後，變成了無所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂，艦長墨菲斯回到了人類的基地錫安，受到人們的熱烈歡迎。 

　　此時，“母體”決定先下手為強，派出了兩萬五千只電子烏賊攻擊錫安基地；墨菲斯、尼奧和崔妮蒂則再次進入“母體”，尋找“制鑰者”，準備從內部破壞；而本該被尼奧消滅的特勤史密斯似乎出了點問題，脫離了“母體”的控制，擁有可怕的復制能力，阻礙尼奧他們的行動。

《黑客帝國3》

尼奧沒有能從內部摧毀“母體”，他的身體在真實世界的飛船上陷於昏迷，思想卻被困在介於“母體”和真實世界的中間地帶，這個地方由“火車人”控制。墨菲斯和崔妮蒂等人知道了尼奧的情況，在守護天使的帶領下， 找到了“火車人”的控制者梅羅紋奇，經過壹番激鬥，將尼奧救了出來。 

　　此時，電子烏賊部隊對錫安發起了猛烈的攻擊，人類組織所有機甲戰士展開頑強的抵抗，形勢危在旦夕；尼奧和崔妮蒂駕駛了壹艘飛船克服重重困難，到達機器城市，尼奧終於見到了機器世界的統治者“機器大帝”，雙方談判並達成了協議：尼奧除掉不受“母體”控制的史密斯，以換取錫安的和平。